Вся информация, хранящаяся в подсистеме Справочники, имеет древовидную структуру. Эта структура также носит название онтологического классификатора. Онтологический классификатор представляет собой иерархию классов, объединяющих в группы объекты НСИ по сходству и подобию. Модель данных, основанная на такой структуре, имеет свой целью упрощение работы экспертов НСИ по поиску, выбору, созданию и редактированию данных, таким образом справочные группы нужны для идентификации данных экспертом НСИ и имеют оптимальную структуру с точки зрения идентификации информации.
Из справочных групп онтологического классификатора могут быть сформированы справочники, пиктограммы которых отображаются на стартовой странице Системы. Структура информации в справочниках идентична общему представлению, то есть каждый справочник имеет дерево, которое собирается из определенных справочных групп, таблицу позиций и карточки. Однако, для удобства работы конкретных пользователей внешний вид и представление данных в справочнике может отличаться от стандартного, например, вместо дерева справочных групп в справочнике может быть иерархическое представление данных.
